Los animales que hacen sus hogares en cuevas, pero regresan a la superficie para alimentarse -incluyendo murciélagos, roedores, serpientes, mapaches, golondrinas, polillas, zorros y las personas- se llaman trogloxenos. Entre estos, los murciélagos desempeñan un papel importante en el equilibrio de la naturaleza. En los trópicos, los murciélagos se alimentan de frutas, insectos, polen o pequeños animales. Costa Rica es uno de los países más ricos en diversidad de murciélagos con más de 114 especies. Muchos de los murciélagos de Costa Rica comen insectos, y un solo murciélago puede comer 1.200 insectos del tamaño de un mosquito en una hora.
Por lo tanto, los murciélagos desempeñan un papel importante en la lucha contra las enfermedades transmitidas por mosquitos, como el dengue y el virus zika. Una proporción significativa de los murciélagos se alimentan de frutas y néctar, y polinizan y dispersan las semillas de las plantas agrícolas importantes, tales como el banano, el árbol del pan, mangos, marañones, guayabas e higos. Además, los excrementos de los murciélagos son una valiosa fuente de fertilizantes y un eslabón importante en la cadena alimenticia del hábitat de una cueva. De todas las especies de murciélagos que habitan en Costa Rica, solamente uno, -el murciélago vampiro común- se alimenta de sangre de mamíferos.
Lamentablemente, en la actualidad, muchas especies de murciélagos que se encuentran en grave decadencia o ya están en peligro de extinción, debido en gran parte a que los plaguicidas han reducido drásticamente su suministro de alimentos. Además, los hábitats de las cuevas están siendo destruidos, sus entradas o bocas están siendo cerradas, o los visitantes humanos están perturbando los criaderos. Lo peor de todo es que la gente que temen o malinterpretan el valor de los murciélagos los están matando deliberadamente.